在触及到诸多深层次的管理体制障碍的关头，开发区能否继续充当改革开放试验田的角色，先行先试、持续创新、适应经济新常态，关系到开发区综合竞争力的提升和高质量发展的成效。
开发区管理体制一般是由省级人大颁布的相关条例予以明确，也有少部分开发区是以政府令或政府规范性文件的形式确定管理体制。作为特定的经济功能区域，在充分考虑我国国情和借鉴国际通行开发区管理经验的基础上，我国开发区创立了具有中国特色的管委会型、混合型、法人机构型和企业型的管理模式。
“管理委员会”（以下简称“管委会”）是我国开发区的主流管理体制，比如2010年之前批准设立的54个经济技术开发区中就有49个如此设置。管委会作为所在城市市政府的派出机构（派出机关），代表所在地人民政府对管辖区域内的基础设施建设、土地开发、招商引资、经济管理等经济和必要的相关社会事务实行统一领导、统一管理。
区内机构设置不与政府部门一一对应，在内部机构设置上，按照精简、统一、高效能的原则，通常行政区政府的七八个职能部门在开发区简化为一个部门。开发区大多设有一级财政，可以组织税收和编制、实施财政预算，在早期起步发展时期实行财政收入全留开发区，使开发区的建设资金、滚动发展能力得以保证。作为高度开放的经济区，开发区还率先引入和运用ISO9001质量管理体系，推动行政管理国际化、制度化，使行政管理和公共服务水平全面与国际接轨。
开发区管委会通过受委托管理、与行政区合并管理等方式，将开发区管理职能和相关资源辐射到周边区域，客观上拓展了开发区的发展空间。采用这种管理模式的开发区主要有大连、烟台、广州、青岛、福州、宁波、杭州、武汉、合肥、长沙、成都等地。从方式来看，混合型管理模式可以细分为以下两种模式：“管委会+托管乡镇”管理模式、政区合一(行政区+开发区)管理模式。
这种模式源于步入成熟期的开发区面临土地约束和繁重的社会事务，而缺乏相应的执法权限容易造成与传统体制的复归，但在客观上有利于整合开发区周边资源。这种模式的关键和难点在于，如何在保障开发区精简高效的体制优势，加快自身发展的同时，通过制度的设计，更好地发挥开发区的辐射带动作用。
法定机构是指依据特定的法律、法规或规章设立，依法承担公共事务管理职能或公共服务职能，不列入行政机关序列，具有独立法人地位的公共机构。法定机构的设立是为了增加政府运作的灵活度，同时处理一些不便于在政府体制内执行的任务和较商业化的服务。
作为西方国家新公共管理运动的产物，法定机构以“小政府”实现“强职能”，在新加坡和中国香港已得到广泛应用。香港法定机构类型多样，数量庞大，几乎覆盖经济社会的各个领域，如香港贸易发展局（贸发局）、香港机场管理局（机管局）、香港科技园等都属于法定机构，在香港社会管理中发挥着重要作用。中国内地首个法定机构——深圳前海深港现代服务业合作区管理局，是实行企业化管理但不以营利为目的履行相应行政管理和公共服务职责的法定机构，具体负责前海合作区的开发建设、运营管理、招商引资、制度创新、综合协调等工作。
目前上海漕河泾、虹桥、闵行开发区采取这种管理模式，即区内不设专门的行政管理机构，而是设立一个诸如开发总公司之类的法人管理主体，被赋予一定的行政职能，承担开发区内经济活动的组织和管理。该企业作开发区的创办者、投资者、经营者、收益者和风险承担者，直接向所在地市政府负责，在政府发展战略和计划指导下，实行承包经营，进行基础设施建设、资金筹集、土地开发、企业管理等工作。开发区内的其它行政性事务，像劳动人事、财政税收、工商行政、公共安全等，则仍然由所在地市政府的相关职能部门来管理。
企业型管理模式适用于区域功能相对单一、地域面积较小的开发区，由于在中国首创于深圳蛇口，又被业内称为“蛇口模式”。这种模式也是欧美等主要发达国家普遍采用的开发区管理模式。
前文提到，自设立之初绝大多数开发区就采用管委会体制的准政府模式，这是中国在计划经济体制向市场经济体制过渡过程中的创新和特定产物。管委会模式在开发区创立阶段有效规避了传统行政体制的弊端，在高效率、高效能地为投资者提供行政服务的同时，也得到充分授权集中推进开发建设相关事务，促进了决策和执行到位。管委会通常下设国有公司进行融资和土地开发经营，设立各类专业企业提供招商引资、基础设施建设和运营服务。当开发区管委会与上级行政单位的委托代理机制健全、授权充分时，开发区局部的制度环境和资金循环机制能够顺利运行，否则就会阻碍开发区按自身发展规律进行转型。
但作为经济发展主战场，进入成熟期之后，开发区必须按照市场规则集中财力物力，在主导产业扶持、投融资安排、开发区位选择、产业向外转移、征地农民安置等问题上均需要适时调整。难以避免的是，在国家层面的上位法缺失的情况下，仅仅依靠地方政府授权的管委会体制，无法从根本上克服政府管理自身存在的局限性。
就促进开发区高质量发展而言，规模经济的内在属性、技术进步和市场需求带来的产能扩大、降低生产要素成本的客观要求等都决定了开发区需要突破原有土地限制，寻求最佳的生产要素组合，这就造成了开发区在转型过程中的突出矛盾。是以，在优惠政策淡化、政策趋同的背景下，依靠体制优势和综合投资环境的优势是开发区继续吸引投资的新动力。
差别化税收政策的取消和土地资源的匮乏使得各地倾向于通过开发区对周边行政区域的托管和直接兼并实现要素整合，而行政执法地位的缺失使以管委会管理体制为主的开发区不得不向传统行政机构复归。由此带来的机构臃肿、职能交叉、人浮于事等开发区建区之初努力革除的体制弊端重新成为制约开发区发展的桎俈，路径依赖在以体制创新为优势的开发区身上也开始显现。与行政区简单合并、合署办公成为一些国家级开发区面对的无奈选择。开发区并不一定因原有的特殊优惠政策的取消而取消，但却有可能因与一般行政区的同质化而失去其存在的意义。
从开发区当前管理体制存在的主要现实矛盾分析，开发区体制创新需要解决的主要问题包括：
一是如何建立与完善开发区管委会精简、高效、亲商、务实的行政管理体制，在转变政府职能，建设服务型政府方面进行改革；
三是如何营造投资与贸易便利化的新机制，积极扩大国际合作交流，进一步提高开发区的投资和贸易的国际化程度；
四是如何最大限度地发挥开发区品牌效应，推进开发区投融资体制创新，吸收社会资金投入开发区建设，并探索建立跨区投资的开发区新型融资模式；
五是如何开展不同地区之间开发区的合作，构建开发区与周边行政区的互动关系，推动区域协调发展；
六是如何加快开发区立法，进一步将开发区的宏观管理纳入法制化的轨道，等等。
体制机制改革，全国各类机构单位都已进入到深水区。在触及到诸多深层次的体制障碍的关头，开发区能否继续充当改革开放试验田的角色，先行先试、持续创新、适应经济新常态，关系到开发区综合竞争力的提升和高质量发展的成效。
开发区管理体制转型的根本目标应该是在实现中华民族伟大复兴的路途中，完成作为特殊经济功能区的作用和需要。就具体目标而言，保持集中精简、灵活高效、亲商、务实的运行机制，进一步降低管理成本、为区内企业和开发区的持续、健康发展提供制度保障。
开发区管理体制转型的核心路径，应是从行政管制型向市场调控型转变。提升开发区在吸纳全球生产要素过程中的开放度和产业集聚水平，发挥市场竞争机制对企业和开发区资源的动态调整和优化配置作用。市场机制在美日等国开发区的发展过程中发挥了关键作用。美国硅谷和波士顿地区高新技术企业因其发展速度及规模而成为全球开发区学习的楷模，然而各国的开发区却始终难以赶上硅谷，主要是由于开发区管理机构过多地依靠政府资助，并因此束缚了自身的创新和发展。为获得成功，开发区需要依靠市场机制进行调节。对照前文所提，实现企业化的开发区管理模式转型，优点是完善的法人治理结构使其可以按照市场机制来进行运营和管理，有助于探索建立开发区全新的管理体制，使开发公司能够重新自我定位，在强化服务功能的同时，减少对政府的依赖和行政干预。
从实践上看，全球大多数产业园区的开发经营均由企业主导，其中知名的企业如新加坡胜科集团、裕廊集团、吉宝集团。香港建设、普洛斯集团等均在多个国家和地区建设不同产业特色的开发区，而爱尔兰香农、菲律宾巴丹、印尼的雅加达、巴拿马科隆出口加工区均是私营、国营或合营的企业开发管理的。
正略咨询认为我国开发区可以在结合我国实际国情的基础上，借鉴世界开发区的普遍做法，逐步推行中国特色的企业管理型开发区模式。将开发区的原生土地、基础设施和经营性资产从管委会剥离，在开发区企业化改制的基础上实行股权结构多元化，吸收开发区龙头企业和行业开发者成为战略投资者，以开发区整体资产为基础组建以包括开发区规划、建设、运营、招商引资和产业投资为主营业务的投资集团。从一般意义上的开发区管理者向开发区建设和专业服务提供商角色迈进，实现从局部开发向专业化、规模化开发的转变。就这个意义而言，企业化模式的转型不仅是开发区外延式拓展的基础，也是内涵提升的保障。
